De forma semicircular, está separado del mar Mediterráneo por una franja de arena de 22 km de longitud y de entre 100 y 1.200 m de anchura, denominada La Manga del Mar Menor. En su perímetro litoral cuenta con 73 km de costa, en la que se van sucediendo playas de aguas transparentes y poco profundas (la profundidad máxima no es superior a 7 m), y tiene 135 km² de superficie.
En su límite inferior se encuentra el Cabo de Palos con su característico faro. En su zona sur se encuentran cinco islas o islotes de origen volcánico: tres son las llamadas islas mayores: isla Perdiguera, isla Mayor o del Barón e isla del Ciervo; y dos islas menores, isla Redonda o Rondella e isla del Sujeto.
De norte a sur las costas que baña el Mar Menor pertenecen a los municipios de San Javier (población de Santiago de la Ribera y la mayor parte de La Manga), San Pedro del Pinatar (poblaciones de Lo Pagán y Los Cuarteros), Los Alcázares y Cartagena (poblaciones de Los Urrutias, Los Nietos y parte de La Manga), siendo el municipio con más extensión de costa del Mar Menor.
